使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

脚本专栏 2024/12/26 佚名

3 1 2

快活林资源网 Design By www.csstdc.com

因为后期主要的研究方向是医学图像处理，而现有手头的大部分数据都是nii格式或者是hdr，img格式的数据，所以首先第一步我们需要解决图像的读写问题。

其实使用OpenCV也可以方便的进行图像读取，但是这里暂时只学习Nibabel这个库，后面有时间的话再研究OpenCV在python中的使用。

Nibabel的安装

可以通过pip进行安装

pip install nibabel

简单的图像读取和存储操作

import os
import nibabel as nib

# 读取图像
path='C:\Users\Darren\Desktop\example.nii.gz'
img=nib.load(path)
# 查看图像的长宽高
img.shape
# 图像进行仿射变换
img.affine.shape
# 保存图像
path_save='C:\Users\Darren\Desktop\example_save.nii.gz'

img.to_filename(path_save)
或者
nib.save(img,path_save)

补充知识：使用SimpleITK读取NII格式三维图像注意事项

SimpleITK

Python中SimpleITK被广泛用于医学图像的处理任务中，功能非常强大，但是使用的时候还需注意，尤其在图像读取时一定要注意维度。

读取NII格式的图像

#读取并显示NII图像文件
from matplotlib import pyplot as plt
import SimpleITK as sitk

img_path = 'res.nii.gz'
I = sitk.ReadImage(img_path)
img = sitk.GetArrayFromImage(I)
plt.imshow(img[1,...], cmap='gray', interpolation='bicubic')
plt.xticks([]), plt.yticks([]) and Y axis
plt.show()

上面的代码很简单，不多做解释，加入我们在最后加上

print(img.shape)

如果输出（300,200,120），其中分别表示该三维体数据在Z轴，Y轴，X轴上的尺寸，这和MATLAB以及ImageJ都有点不同，后续处理一定要注意。

以上这篇使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持。

Nibabel库,nii格式图像,读写

快活林资源网 Design By www.csstdc.com

广告合作：本站广告合作请联系QQ：858582 申请时备注：广告合作（否则不回）
免责声明：本站资源来自互联网收集,仅供用于学习和交流,请遵循相关法律法规,本站一切资源不代表本站立场,如有侵权、后门、不妥请联系本站删除！

快活林资源网 Design By www.csstdc.com

评论“使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作”

暂无评论...

P70系列延期，华为新旗舰将在下月发布

3月20日消息，近期博主@数码闲聊站透露，原定三月份发布的华为新旗舰P70系列延期发布，预计4月份上市。

而博主@定焦数码爆料，华为的P70系列在定位上已经超过了Mate60，成为了重要的旗舰系列之一。它肩负着重返影像领域顶尖的使命。那么这次P70会带来哪些令人惊艳的创新呢？
根据目前爆料的消息来看，华为P70系列将推出三个版本，其中P70和P70 Pro采用了三角形的摄像头模组设计，而P70 Art则采用了与上一代P60 Art相似的不规则形状设计。这样的外观是否好看见仁见智，但辨识度绝对拉满。

更新日志

2024年12月26日

使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作

使用SimpleITK读取和保存NIfTI/DICOM文件实例

python 读取.nii格式图像实例

评论“使用Nibabel库对nii格式图像的读写操作”

P70系列延期，华为新旗舰将在下月发布

更新日志

友情链接